اعتبر رئيس جمهورية  العراق  جلال طالباني أن مقتل الزرقاوي، وجّه ضربة قاصمة لظهر الإرهابيين، لكنه أشار إلى أن الإرهاب سيستمر إلى أن يتم القضاء على أسبابه و عوامله و من يقف ورائه، داعياً حركة "حماس" الفلسطينية إلى عدم تأييد الإرهاب.
و أضاف في مؤتمر صحفي عقده في السليمانية يوم 11/6/2006 "أن الإرهاب القادم ما زال يملك بعض المنابع، فالقاعدة مثلاً هددت بإرسال 150 مجرماً آخر إلى العراق لمواصلة الإجرام و الإرهاب. لا بد أن نتوقع هذا منهم، و إذا تم التوصل هذا العام إلى اتفاق مع الذين يعتبرون أنفسهم مقاومة فبالإمكان أن نجعل هذا العام عاماً لحسم الإرهاب و عام السلام و الاستقرار في العراق".
كما أبدى الرئيس طالباني وجهة نظره بشان المقاومة و الإرهاب، مفرقاً بينهما بقوله "إن الإرهاب هو قتل المسالمين و الآمنين و معاداة المسيرة الديمقراطية بوسائل إجرامية، لكن المقاومة هي عمل وطني مبرمج وفق برنامج سياسي تقف ورائه قوى سياسية معينة تقوم بإعلان هذا العمل من اجل أهداف معينة، و الآن بنظري لا توجد مقاومة مشروعة في العراق، و لا مبرر لأي شيء من هذا القبيل، فالعراق حقق الديمقراطية و الانتخابات الحرة و حكومة وحدة وطنية، و أن جميع الأطراف الأساسية في المجتمع العراقي مشتركة في الحكومة، و أن الحريات الديمقراطية واسعة"، و أضاف "أن الأعمال التي جرت في العراق كانت أعمالاً همجية وحشية، كقتل الأطفال و النساء و نسف الحسينيات و المساجد و إن هذه الأعمال ليست مقاومة، إنها أعمال إجرامية إرهابية".
و عن البيان الذي أصدرته حركة "حماس" الفلسطينية، و نعت فيه الإرهابي الزرقاوي، قال الطالباني  "في البداية هم كذبوا النص الأصلي الذي تم توزيعه باسم الحركة، و أنا اعتقد أن الأخوة في حماس لا يفهمون الوضع في العراق بشكل جيد، واجبهم أن يؤيدوا الحكومة العراقية الديمقراطية. هم يتباهون بان إرادة الشعب الفلسطيني المعبر عنها بالانتخابات يجب أن تحترم، و هم لا يتجاوزون (400) ألف ناخب، في حين أن العراقيين الذين ذهبوا إلى صناديق الاقتراع و اختاروا حكومتهم الحالية تجاوز عددهم (12) مليون ناخباً. نحن قد عبرنا عن هذه الإرادة و هذا المجلس و عن هذه الحكومة، و على الأخوة في حماس أن يكونوا منصفين و أن لا يكيلوا بمكيالين و ألا يؤيدوا الإرهاب، فان الإرهاب يسيء إلى القضية الفلسطينية، كما أن الإرهاب يسيء إلى المقاومة الفلسطينية".
و أعلن رئيس الجمهورية   في المؤتمر الصحفي، بأنه تلقى مكالمة هاتفية من وزير الخارجية السوري عبد الحليم خدام، و أوضح سيادته "تكلمنا حول تحسين العلاقات و حول إعادة فتح السفارات و تبادل الزيارات، و إن شاء الله سنبذل جهداً من اجل تحسين العلاقات مع سورية، و أنا أؤكد دائماً على حقيقة أن لسورية أفضالاً كثيرة علينا و إذا كان لدينا ملاحظات ستبقى في قلوبنا و لن نكشفها للإعلام".
و كان جلال الطالباني قد أدلى بهذه التصريحات خلال مؤتمرٍ صحفي حضره عدد من القياديين في الاتحاد الوطني الكردستاني، من بينهم نوشيروان مصطفى و كورست رسول علي و الدكتور فؤاد معصوم، سلط فيه الضوء أيضاً بصفته الأمين العام للاتحاد الوطني الكردستاني، على نتائج الاجتماعات الأخيرة التي عقدها الاتحاد لإجراء الإصلاحات اللازمة في مؤسساته الحزبية و الإدارية و تطويرها بشكل يتواكب مع التقدم و التطور الحاصل في المجالات الحياتية لأبناء شعب كردستان.
و قال الرئيس طالباني "لقد اقر المكتب السياسي بالإجماع عدداً من القرارات، و تشمل بعضها الأمور التنظيمية و التي تعد أساساً في عملنا، إضافة إلى قرار بشان تأسيس جهاز جديد في الاتحاد الوطني الكردستاني و هو جهاز المحاسبة و المساءلة و المتابعة".
و أضاف  طالباني "إن الاتحاد الوطني الكردستاني مؤمن بالتجديد، و إن هناك تطورات و تغييرات عديدة قد طرأت عليه. ان مستقبل الاتحاد مشرق و سيزداد إشراقا، كلما استمرت مسيرته الإصلاحية و ان أي قوىً تاريخية لها أمجاد كثيرة، إذا لم تقم بالإصلاحات و لم تواجه الفساد و التلكؤ، كان مصيرها الفناء.